CANSIZ ATOMLARI PROTEİNLERE DÖNÜŞTÜREN KUSURSUZ YARATILIŞ

CANSIZ ATOMLARI PROTEİNLERE
DÖNÜŞTÜREN KUSURSUZ YARATILIŞ

ŞUURSUZ ATOMLARIN İNŞA ETTİĞİ YETENEKLİ PROTEİNLER
PROTEİNLERİN GÖREVLERİNE UYGUN KUSURSUZ YARATILIŞLARI
AMİNO ASİTLERDEKİ DÜZEN
PROTEİNLERDE NEDEN DOĞADAKİ 200 AMİNO ASİTTEN SADECE 20 TANESİ KULLANILIR?
CANLI YAPILARDAKİ PROTEİNLER SADECE SOL-ELLİ AMİNO ASİTLERDEN MEYDANA GELİR
AMİNO ASİTLERİN DİZİLİMİNDEKİ PLAN
AMİNO ASİTLERİ BİRLEŞTİREN ÖZEL BAĞLAR
AMİNO ASİTLERİ BİRBİRLERİNE BAĞLAYAN KÖPRÜ: PEPTİD BAĞI
YERYÜZÜNDE CANLILIK NASIL OLUŞTU
PROTEİNLERİN DÖRT FARKLI YAPISI
PROTEİNLERİN PRİMER YAPISI: AMİNO ASİT DİZİLİMİ
PROTEİNLERİN SEKONDER YAPISI: SARMAL VE TABAKALI YAPI
PROTEİNLERİN TERSİYER YAPISI
BAĞLARIN KUVVETİ EN UYGUN ŞEKİLDE OLMALIDIR
PROTEİNİN ÜÇ BOYUTLU YAPISI KUSURSUZ BİR YARATILIŞIN ESERİDİR
PROTEİNLERİN KUATERNER YAPISI: BİRLEŞİK PROTEİNLER

Bilindiği gibi, bütün canlılar hücrelerden oluşur. Örneğin insan vücudunu oluşturan yaklaşık 100 trilyon hücre vardır. Her hücre ise, aralıksız olarak, canlının hayatı boyunca ihtiyaç duyacağı şeyleri üretir. Canlıların hücrelerini yüksek teknoloji ile donatılmış birer fabrika olarak kabul edersek, bu kitabın konusu olan proteinler de bu fabrikanın makinaları, duvarları, tavanı, merdivenleri, kapıları ve hatta vidalarıdır. Kısacası proteinler, hücrelerin hem inşaat malzemesini hem de çok karmaşık makinelerini oluştururlar. Birbirinden farklı birçok görevi üstlenen proteinler bu nedenle canlılığın yapıtaşları olarak kabul edilirler.

Örneğin saç, tırnak ve tüylerde bulunan sert yapıyı oluşturan keratin isimli madde bir proteindir. Bazı proteinler, kasları kemiğe bağlayan tendonlarda bulunan dayanıklı naylon benzeri bir maddeyi oluştururlar. Derinin pürüzsüz elastikiyetini ve kemiklerin dayanıklılığını sağlayan ise kolajen isimli bir başka proteindir. Atardamarları çevreleyen kauçuk benzeri elastik maddeyi oluşturan da yine başka bir proteindir. Retinaya ışık çarptığında görme etkisini başlatan ise rodopsin isimli proteindir. Bu arada başka proteinler de gözün lensini oluşturan saydam maddeyi yaparlar. Hücrelerin içine moleküllerin giriş çıkışında yine özel taşıyıcı proteinler görev yapar. Tüm canlılığın bilgisini taşıyan DNA molekülü proteinler olmadan kopyalanamaz ve bilgi üretemez, hücre bölünmesini sağlayamaz. Yani proteinler canlılardaki en küçük yaşam birimi olan hücrelerin hem yapılarında hem de sayısız işlevlerinde çok çeşitli görevler alırlar. Diğer bazı proteinler de hücredeki kimyasal reaksiyonların hızını milyarlarca kez artırmak için katalizör görevi görürler. Takımlar halinde çalışarak, hücrenin tüm kimyasal parçalarını inşa ederler. İnşa etme özelliklerinin yanısıra, parçalama özellikleri de bulunmaktadır. Bu özelliklerini kullanarak hücrelerde bulunan büyük molekülleri, hücrenin kullanabileceği basit bileşiklere ayırırlar. Hücreye enerji sağlanması için gereken reaksiyonların oluşmasını sağlarlar. Kaslardaki kasılma hareketi için gereken unsurları oluşturanlar da yine kas hücrelerindeki özel proteinlerdir.

Yukarıda sayılanlar, binlerce protein çeşidinden sadece birkaç tanesine ait özelliklerdir. Siz bu satırları okurken dahi vücudunuzdaki her protein çeşidi yaşamınızı sağlıklı bir şekilde sürdürebilmeniz için aralıksız olarak faaliyet göstermeye devam etmektedir. Baktığınız satırları okuyabilmenizden yemeğinizi yiyebilmenize, vücudunuzun gelişiminden hastalıklara karşı dirençli olmanıza kadar birçok ihtiyacınız hücrelerinizde durmadan çalışan proteinler sayesinde giderilmektedir. Sadece insan vücudunda değil, bitkilerden tüm hayvan türlerine, en basit bakteriye kadar, tüm canlıların yaşamsal faaliyetlerinin tamamı proteinler üzerine kuruludur.

Kitap boyunca da üzerinde durulacağı gibi, belirli sayıda atomun birleşmesinden meydana gelmiş bu mucize moleküller, birbirleriyle kusursuz bir uyum içinde, çok büyük bir akıl ve şuur göstererek, inanılmaz sorumlulukları yerine getirirler. Bundan sonra anlatılacak her konuda, akıl ve vicdan sahibi her insanın kendisine sorması gereken önemli bir soru vardır: Cansız atomların birleşmesinden meydana gelen şuursuz, bilgi ve beceriden yoksun olması beklenen protein molekülleri nasıl olup da inanılmaz bir akıl, organizasyon yeteneği ve sorumluluk hissi göstererek tüm bu faaliyetleri gerçekleştirebilmektedir? Samimi düşünen her insan, cevabın, sonsuz bir güç ve ilim sahibi olan Allah'ın kusursuz yaratışı olduğunu görecek, en küçüğünden en büyüğüne kadar evrendeki tüm varlıkların Allah'ın kontrolü ve emri altında olduğunu kavrayacaktır. Allah'ın tüm varlıkların hakimi olduğu bir ayette şöyle haber verilir:

Ben gerçekten, benim de Rabbim, sizin de Rabbiniz olan Allah'a tevekkül ettim. O'nun, alnından yakalayıp-denetlemediği hiçbir canlı yoktur. Muhakkak benim Rabbim, dosdoğru bir yol üzerinedir (dosdoğru yolda olanı korumaktadır.) (Hud Suresi, 56)

ŞUURSUZ ATOMLARIN İNŞA ETTİĞİ YETENEKLİ PROTEİNLER

Arka sayfada gördüğünüz şekil, sitokrom-c isimli bir proteinin atom yapısını göstermektedir. Milimetrenin milyonda beşi kadar küçük olan bu protein yaklaşık 1000 atomun birleşmesinden meydana gelmektedir. Resimde de görüldüğü gibi, bu atomların aralarındaki organizasyon ve birbirleriyle birleşme şekilleri son derece komplekstir.

Şimdi bu resme bakarak düşünelim. Evrimciler bu 1000 atomun tesadüfen biraraya gelerek, bu şekilde görüldüğü gibi birbirlerine bağlandıklarını iddia ederler. Ve bu rastgele birleşmelerin sonucunda "tesadüfen" canlının yaşamı için son derece önemli görevlere sahip sitokrom-c proteininin meydana geldiğini söylerler. Üstelik bu 1000 atomun içinde, demir, karbon, nitrojen gibi birçok çeşit atom bulunmaktadır. Yani sitokrom-c'yi oluşturabilmek için gerekli olan farklı atomlar, belirli bir sayıda, belirli bir zamanda, belirli bir yerde bulunmalı, sonra gerekli yerlerden birbirleriyle ayrı ayrı, resimde görüldüğü gibi, en uygun kimyasal bağlarla bağlanmalıdırlar. İşte evrimcilerin son derece mantıksız ve akıl almaz iddialarına göre bunların hepsi rastgele gerçekleşmeli, ama canlılık için son derece önemli olan bir protein buna rağmen oluşmuş olmalıdır.

Dahası evrimciler, sadece sitokrom-c proteininin oluşması için değil, canlılık için gereken binlerce proteinin oluşması için aynı tesadüf masalını iddia ederler. Karbon, nitrojen, demir, fosfor gibi şuursuz, cansız, hiçbir şeyden habersiz atomların, farklı oranlarda ve farklı düzenlerde birleşerek canlılık için gerekli olan tüm proteinleri meydana getirdiklerini iddia etmek akla ve mantığa kesinlikle aykırıdır.

Milimetrenin milyonda beşi kadar yer kaplayan bu küçücük yapıların canlı vücudunda üstlendikleri görevler görüldüğünde ise, şuursuz atomların bu kadar önemli yapıları tesadüfen inşa ettiklerini iddia etmenin daha da büyük bir mantıksızlık ve akılsızlık olduğu anlaşılacaktır.

Örneğin bazı proteinler saçları, tırnakları ve hayvan tüylerini oluşturan teflon benzeri maddeyi oluşturur. Bazıları kasları kemiklere bağlayan tendonları oluşturur. Ayrıca hücreye gelen mesajları getirenler de, mesajları alan ve değerlendirenler de proteinlerdir. Hücrenin içine giriş çıkışları kontrol eden kapılar ve pompa sistemleri de proteinlerdir. Kimyasal reaksiyonları hızlandıranlar yine proteinlerdir. Hemoglobin adındaki protein kandaki oksijeni dokulara taşır. Transferin isimli protein ise kanda bulunan demiri taşır. İmmunoglobülinler bakteri ve virüslere karşı vücudu savunan proteinlerdir. Fibrinojen ve trombin ise kanın pıhtılaşmasını sağlar. İnsülin, vücuttaki şeker metabolizmasını düzenleyen bir protein çeşididir.

Bazı canlılarda insan vücudunda bulunmayan, ancak o canlının hayatı için son derece büyük önemi olan başka proteinler de bulunur. Örneğin bazı balıkların kanında bulunan antifriz proteini bu balıkların kanını donmaya karşı korumaktadır. Böcek kanatlarının hareketini sağlayan rezilin proteini hemen hemen mükemmel bir elastik özelliğe sahiptir. Sadece 20 amino asitin, diğer bir deyişle birkaç yüz atomun birleşmesinden meydana gelen bu moleküllerin bu kadar farklı özelliklere sahip olmaları olağanüstü bir olaydır. Atomların biraraya gelerek bu kadar çok önemli iş başaran, akıl gösteren, organize olabilen, en gerekli yerde en gerekli kararı verip, bunu uygulayabilen yapıları tesadüfen inşa etmiş olmaları kesinlikle imkansızdır. Üzerinde düşünülmesi gereken bir konu da, aşağı yukarı benzer atomlardan oluşan proteinlerin görev ve işlevlerinin bu kadar çeşitlilik göstermesidir. Proteinler çoğu zaman benzer atomlardan oluşurlar. Ancak bu atomların farklı sayılarda ve farklı dizilimlerde olması o protein molekülüne farklı görev ve yetenekler yükler. Bu gerçekleri tesadüflerle açıklamak kesinlikle imkansızdır. Aslında evrimciler de bunu itiraf ederler. Örneğin ülkemizin önde gelen evrimcilerinden Prof. Ali Demirsoy, sitokrom-c proteininin oluşumu için şöyle der:

"Bir Sitokrom-C'nin dizilimini oluşturmak için olasılık sıfır denilecek kadar azdır... Ya da oluşumunda bizim tanımlayamayacağımız doğaüstü güçler görev yapmıştır. Bu sonuncusunu kabul etmek bilimsel amaca uygun değildir. O halde birinci varsayımı irdelemek gerekiyor." 3

Demirsoy kitabının başka bir bölümünde ise, sitokrom-c'nin tesadüfen oluşması ihtimali için "bir maymunun daktiloda hiç yanlış yapmadan insanlık tarihini yazma olasılığı kadar azdır" der. 4

Bir maymun daktiloda hiç yanlış yapmadan insanlık tarihini yazamayacağına göre, sitokrom-c proteini de kesinlikle tesadüfen oluşamaz. Ancak Demirsoy'un ilk alıntısında belirttiği gibi, evrimciler için doğaüstü güçlerin varlığını kabul etmek "bilimsel amaca uygun" değildir. Yani evrimci bilim adamlarının "bilimsel amaç"ları (!) Allah'ın varlığını inkar etmek ve materyalizmi savunmak olduğu için, sitokrom-c proteininin tesadüfen oluştuğunu kabul etmek zorunda olduklarını öne sürmektedir. Bu o kadar mantıksız bir iddiadır ki, üzerinde biraz düşünüldüğünde evrimcilerin ne kadar büyük bir yanılgı içinde olduklarını görmek için tek başına yeterlidir. Örneğin biri size gelse ve Taksim Meydanı'ndaki bir taş yığınının şiddetli rüzgarın etkisiyle muhteşem bir insan heykeline dönüştüğünü söylese... Veya bir kayalığa çarpan dev dalgaların bu kayalıkta tesadüfen Ürdün-Petra'daki taş işçiliğinin en güzel örnekleri olan yapıları oluşturduğunu söylese, o kişinin aklı ve samimiyeti hakkında ne düşünürdünüz? Görüldüğü gibi evrimciler, tüm bu olanaksızlıklardan daha da olanaksızını kabul edebilecek kadar büyük bir mantık ve akıl çöküntüsü içindedirler. Çok açık gerçeklere gözlerini kapatıyor olmaları, büyük bir bölümünün anlayışını ve kavrayışını kapatmıştır. Protein moleküllerinin canlılık için, üstün bir akla, bilgiye ve güce sahip olan Allah tarafından tasarlandıkları ve yaratıldıkları çok açık bir gerçektir.

HÜCREDEKİ EŞSİZ ÜRETİM: PROTEİN SENTEZİ

ÜRETİM BAŞLIYOR: İLK SİNYAL
VE SİPARİŞ VERİLİYOR
SİPARİŞ FİŞİ KOPYALANIYOR
KOPYALANAN BİLGİNİN ÜRETİM MERKEZİNE ULAŞTIRILMASI
HAMMADDELER ÜRETİM MERKEZİNE DOĞRU YOLA ÇIKIYOR
ÜRETİMDEN ÖNCE YAPILMASI GEREKEN TERCÜME
"KODON-ANTİKODON" YANİ "ANAHTAR-KİLİT" METODU
FABRİKADA ADIM ADIM
KALİTE KONTROL
SİPARİŞ YERİNE TESLİM EDİLİYOR
PROTEİN SENTEZİNİN GÖSTERDİĞİ ÖNEMLİ BİR GERÇEK

Canlıların yaşamlarını sürdürebilmelerinde hayati bir önemi olan proteinlerin, hücre içinde üretimleri için dünya üzerindeki hiçbir üretim sistemiyle kıyaslanamayacak komplekslikte ve düzende, kusursuz bir sistem bulunmaktadır.

Bu kompleks üretim sisteminde hiçbir hataya yer yoktur. Herhangi bir aşamada meydana gelen bir aksaklık, hemen güvenlikli kontrol sistemi sayesinde düzeltilir. Böylece canlının yaşamını sürdürmesini sağlayacak olan proteinler hiçbir aksama olmadan, tam gerektiği zamanda tam gereken yerde ve şekilde üretilir.

Protein üretiminin bir diğer mucizevi özelliği de çok yüksek bir hızda gerçekleşmesidir. Örneğin 100 amino asit taşıyan bir protein molekülü, E. coli bakterisinin hücresi tarafından 5 saniyede sentezlenir. Bu öylesine büyük bir hızdır ki, böyle bir hızda bütün üretim sürecini kusursuz biçimde tamamlayabilen bir fabrika, yeryüzünde mevcut değildir. Bu hız canlı için çok önemlidir, çünkü hücrelerde canlılığın sürdürülebilmesi için her an birçok proteine ihtiyaç duyulur. 17

Protein üretimi sırasında ise birçok protein aynı anda faaliyet gösterir. Hücrelerin içinde protein üretimi için gereken bütün parçalar eksiksiz biçimde birarada çalışırlar. 80'in üzerinde ribozom proteini, 20'nin üzerinde amino asit habercisi olan moleküller, bir düzinenin üzerinde yardımcı enzim, 100'ün üzerinde son işlemleri gerçekleştiren enzimler, 40'ın üzerinde RNA molekülü olmak üzere yaklaşık 300 makromolekül, bir koordinasyon halinde protein sentezinde rol alır. 18 Büyük bir mühendis kadrosunun bile zorlukla koordine edebileceği bu kusursuz üretim, milimetrenin binde biri kadar küçük bir alanda, bundan çok daha küçük yüzlerce molekülün yoğun faaliyetiyle yaşamın devam edebilmesini sağlar. Bu üretimde görev alan moleküllerden tek bir tanesinin olmaması durumunda tüm üretim zinciri aksar. Bu da protein üretiminin canlılardaki "indirgenemez kompleks" yapılardan biri olduğunun bir göstergesidir. Yani böyle bir sistemin içinden tek bir parça dahi çıkarılsa tüm yapı bozulmaya uğrar. Örneğin sadece üretimi sonlandırma ve üretilen yeni proteini serbest bırakma elemanının (proteininin) olmaması, protein üretiminin dengesini bozmaya yeterlidir. Böylesine planlı ve toplu bir şuur içinde kendisini gösteren varoluş ancak Allah'ın yaratması ile mümkündür.

Her bir aşaması büyük bir bilgi, tasarım ve akıl üzerine inşa edilen bu yaratılış mucizesinde yer alan bazı hayranlık uyandırıcı detayları ilerleyen satırlarda okuyabilirsiniz.

Ancak bu işlemleri okumaya başlamadan önce çok önemli bir gerçeği hatırlatmakta yarar vardır. İlerleyen sayfalarda okuyacağınız üretimin elemanları, hücre içindeki organeller ve moleküllerdir. Bu moleküllerin yapısını incelediğimizde ise karşımıza çıkan daha küçük moleküller olan amino asitler ve bunların da kökeninde şuursuz ve cansız atomlardır. Karbon, hidrojen, oksijen, azot gibi atomların biraraya gelmesiyle oluşan bu topluluklar, kendilerinden asla beklenmeyecek bir akıl ve şuur ile, insanların başaramayacağı işlemleri gerçekleştirirler.

Peki ama şuursuz atomlara şuurlu hareketler yaptıran, atomları atom profesörlerinden daha başarılı kılan nedir? İşte ilerleyen satırlarda açıklanacak olan bu başarının, cansız, şuursuz atomların ve moleküllerin kendilerine ait olamayacağı, tüm bu varlıkların "gökten yere her işi yöneten" Allah'ın kudretiyle hareket ettikleridir.

ÜRETİM BAŞLIYOR: İLK SİNYAL

Vücutta herhangi bir proteine ihtiyaç duyulduğu zaman bu ihtiyacı ifade eden bir mesaj, üretimi gerçekleştirecek olan hücrelerin çekirdeklerinde bulunan DNA molekülüne ulaştırılır. Burada dikkat edilmesi gereken çok önemli bir nokta bulunmaktadır; vücutta herhangi bir protein ihtiyacı olduğunda yine protein olan bazı haberciler, nereye başvurmaları gerektiğini bilerek, tüm vücutta ilgili yeri bulabilmekte, ihtiyaç mesajını doğru yere doğru şekilde iletebilmektedirler. Bu iletişimi sağlayan protein kendisine göre karanlık bir dehliz olan vücudun içinde kaybolmadan yolunu bularak, taşıdığı mesajı kaybetmeden ya da herhangi bir parçasına zarar vermeden oraya ulaştırmaktadır. Yani her bir parçada çok büyük bir görev bilinci bulunmaktadır.

Hücre çekirdeğine gelen mesaj, bir dizi kompleks ve son derece organize işlemden sonra proteine dönüşür. Protein talebinin, vücuttaki 100 trilyon hücreden doğru hücrelere ulaşması, mesajı alan hücrenin kendisinden ne istendiğini anlayarak hemen işe koyulması ve kusursuz bir sonuç elde etmesi insanda hayranlık uyandıran olaylardır. Çünkü burada söz edilen bilinç, akıl, bilgi ve irade sahibi insanların oluşturduğu bir topluluk değil, fosfor, karbon, yağ gibi maddelerden oluşmuş şuursuz ve gözle dahi görülemeyecek kadar küçük varlıklardır. Bu moleküllerin tek başlarına haber verme, anlama ve tespit etme gibi güçleri ve iradeleri yoktur. Bütün moleküller gibi, Allah'ın onlara verdiği özel şekil ve ilham ile hareket ederek böyle şuurlu davranışlar gösterirler.

Talimatın alınmasından sonra ilk işlem, üretilmesi istenen proteinle ilgili bilgilerin DNA'dan alınmasıdır.

VE SİPARİŞ VERİLİYOR

Vücudumuzda görev yapan bütün proteinlere ait bilgiler hücre çekirdeğinde yer alan DNA molekülünde depolanır. Yani bir protein üretileceği zaman, bu proteinle ilgili bilgiler DNA'dan alınır. Ancak bunun için DNA'nın, ihtiyaç olan protein hakkındaki bilgiyi tam ve doğru olarak anlaması ve doğru bilgiyi vermesi gerekir. Tıpkı üretim yapacak olan bir kimyagerin, bu üretim sırasında kendisine gerekli olacak hammaddeleri ve üretimi yapmak için ihtiyaç duyduğu tüm teknik bilgileri yetkili bir yere başvurarak talep etmesi gibi� Bir kimyager bunu karşısındaki kişi veya kurumdan yazılı veya sözlü olarak talep eder; işte DNA'dan da bir proteinin formülünü talep etmek için özel bir lisan kullanılır. Bu lisan 4 harften oluşan bir alfabeye sahiptir.

Yandaki şekilde vücudumuzun bilgi bankası olan DNA'nın yapısı görülmektedir. DNA molekülü 4 farklı nükleotidin farklı sıralamalarla ardarda gelerek dizilmesinden oluşur. Bu moleküllerin sıralamaları canlıların kullanacağı tüm proteinlerin yapısıyla ilgili bilgileri oluşturur.

DNA molekülü 4 farklı nükleotidin farklı sıralamalarla ardarda gelerek dizilmesinden oluşur. Bu dört faklı nükleotid sahip oldukları baz moleküllerinin adlarıyla anılırlar; A (Adenin), G (Guanin), C (Citosin) ve T (Timin). Bu moleküllerin sıralamaları canlının kullanacağı bütün proteinlerin yapısının nasıl olması gerektiğine dair bilgiyi oluşturur. Yani her insanın hücrelerindeki DNA'da kendisine ait her özelliği meydana getiren proteinlerin bilgisi, 4 harfli özel bir alfabe ile yazılmıştır ve bu bilgiler bir kütüphane dolusu ansiklopediye sığacak kadar çoktur.

Milimetrenin binde birinden daha küçük bir alanda böyle ciltlerce ansiklopediye sığacak bilginin şifrelenmesi olağanüstü bir durumdur. Bu bilgi, yazılı hale getirildiğinde, 500'er sayfalık 1000 ansiklopedi uzunluğunda olacaktır, ki bu büyüklükte bir eser henüz yazılmamıştır. Bu kodlama dünyaca ünlü Britannica Ansiklopedisi'nin 20 katı kadar uzunluktadır. 19 Günümüzde bilgi saklanması için çok yüksek kapasiteli bilgisayar çipleri tasarlanmıştır. Halen farklı şifreleme sistemleriyle bu kapasiteyi artırmak için çok yüksek maliyetli çalışmalar yapılmaktadır. Ancak DNA molekülünde protein bilgilerinin şifrelenmesi yeryüzünde üretilmiş hiçbir teknoloji ile kıyaslanmayacak kadar üstün bir kapasite ile yapılmıştır. Öyle ki, kapladığı alanda maksimum bilgiyi şifreleme kapasitesine sahiptir. 20 Böyle kusursuz bir bilgi depolama sisteminin tesadüfen oluştuğunu söylemek ise büyük bir mantık hezimetidir.

Hücre içindeki işlerin aksamaması, ihtiyacın doğru karşılanması, kısacası hücre yaşamının devam edebilmesi için doğru proteinin üretilmesi çok önemlidir. Bu yüzden hangi proteinin üretilmesi gerektiği ile ilgili mesaj alındıktan sonra DNA'dan doğru bilginin seçilerek alınması gereklidir. Peki bu seçimi kim yapacaktır?